Üheks suuremaks tüliõunaks ELi institutsioonide vahel Lissaboni leppe järgses  kempluses on olnud Euroopa Liidu välisteenistuse loomine. Algusest peale on arutelu põhiteemaks olnud see, mil moel ja kui suures ulatuses hakkab Euroopa Parlament kaasa rääkima välisteenistuse loomisel ja toimimisel.
 
Euroopa Parlament nõudis esialgu, et kõik kõrgemad diplomaadid peaks ametisse kinnitama parlament, kuid Euroopa Komisjoni ja ELi Nõukogu sõnul on see nii suure hulga inimeste puhul võimatu. Vaidlusaluseks küsimuseks on olnud ka tasakaal ELi struktuuridest tulevate ametnike ning liikmesriikide ametnike vahel. Euroopa Parlament saavutas oma eesmärgi, et vähemalt 60% uutest välisteenistuse ametnikest peab tulema ELi struktuuridest, et tagada ELi perspektiiv ühtse välispoliitika täideviimisel.
 
Loodud välisteenistusel on nagu teistelgi ELi institutsioonidel omaette rida ELi eelarves. Samuti peab välisteenistus saama Euroopa Parlamendilt eelarve täitmise kohta kinnituse ning Euroopa Komisjon peab parlamendile andma üksikasjaliku teabe teenistuse kulude kohta. Lisaks peavad ELi delegatsioonide juhid läbima spetsiaalsed eelarvekursused ning tegema Euroopa Parlamendiga täielikku koostööd. See tagab Euroopa Parlamendile täieliku järelevalve välisteenistuse eelarve üle.
 

Eesti meedias on suurimat tähelepanu pälvinud välisteenistuse geograafiline tasakaal. Välisteenistuse ametnike määramisel võetakse esmajoones arvesse pädevust, rakendades geograafilist ja soolist tasakaalu. Tüliküsimuseks sai siin asjaolu, et kõrgetele kohtadele saavad kandideerida ainult ametnikud, kes on vähemalt 15 aastat olnud kas ELi struktuuride teenistuses või liikmesriigi diplomaatilises teenistuses. Liikmesriigi diplomaatide puhul arvestatakse aastaid alates ELi liitumisest. See aga välistab 2004‒2007 liitunud riikide ametnike võimalused. Pineva ja meedia tähelepanu all olnud võitluse tulemusena on nüüd mõned kohad siiski ka uute liikmesriikide ametnikele määratud.